Cathepsin B * E64C

Домашнее задание 1

Комплекс катепсина B из селезенки крупного рогатого скота с ковалентно связанным ингибитором E64C.

Код PDB: 1ITO

Катепсин B.

Название по номенклатуре IUBMB	cathepsin B
Обозначение по номенклатуре ферментов IUBMB	EC 3.4.22.1
Класс	EC 3 - гидролазы
Подкласс	EC 3.4 - пептидазы
Подподкласс	EC 3.4.22 - цистеиновые эндопептидазы
По классификации пептидаз	Семейство C1 - семейство папаина
Источник	Bos taurus - крупный рогатый скот, из селезенки

Катепсин B - цистеиновая протеиназа (эндопептидаза) семейства папаина. По специфичности - в основном имеет значение остаток P₂, где катепсин B предпочитает объемные, а также, в отличие от других катепсинов и большинства ферментов семейства папаина, и положительно заряженные аминокислотные остатки.

Биологическая роль белка: лизосомная протеиназа широкой специфичности, действующая в основном в нейтральной-слабокислой среде.

Параметры структуры:
Разрешение: 2.29Å
Пространственная группа: P 4₃ 2₁ 2
Количество белковых цепей: 1
Гетерогруппы: ковалентно присоединенный остаток ингибитора E64C.
SS-мостики: 7 штук - (14-43),(26-71),(62-128),(63-67),(100-132),(108-119),(148-252)
Цис-пептидные связи: 1 (Ser137-Pro138)

Условия кристаллизации: фосфат натрия, pH 3,5, диффузия пара, висящая капля, 288 K.

Домашнее задание 2.

Укладка катепсина B: класс α+β, преимущественно антипараллельные β-листы и отдельные α-области
Тип укладки: укладка цистеиновых протеиназ, содержит 1 α-спираль, 4 антипараллельных β-тяжа и каталитическую триаду Cys-His-Asn.
Укладка разных членов суперсемейства цистеиновых протеиназ различается вставкой и взаимной перестановкой основных частей каталитич. каркаса - 1 α-спирали и 3 β-тяжей. Катепсин B относится к семейству папаина.

Домашнее задание 3

Активный центр катепсина B: рыжим и желтым показана боковая цепь остатка Cys29, к которому ковалентно присоединен ингибитор E64C, зеленым и голубым - боковая цепь остатка His199.

Домашнее задание 4.

Карта Рамачандрана.